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O HIV-1 possui grande diversidade genética, sendo classificado em grupos, subtipos e sub-subtipos. Estudos sugerem que o comprometimento clínico dos pacientes pode ocorrer de forma distinta dependendo do subtipo, sendo a quantificaçăo do RNA do HIV-1 uma ferramenta importante no monitoramento do tratamento antirretroviral e prognóstico da infecçăo. Sabendo-se que o HIV afeta diretamente o SNC, a quantificaçăo do RNA do HIV-1 no LCR pode ser útil na avaliaçăo da resposta ŕ terapia em pacientes com alteraçăo neurológica. O estudo objetivou quantificar o RNA do HIV-1 no plasma e LCR de pacientes infectados e correlacionar com características genotípicas e imunológicas do HIV-1, coinfecçăo com hepatite C e efetividade de penetraçăo no SNC dos antirretrovirais em uso. Realizou-se a quantificaçăo do RNA do HIV-1 no plasma e LCR de 68 pacientes: 38 genotipados em concentrado de leucócitos (env), 22 no plasma (pol) e 2 no LCR (pol). A padronizaçăo da genotipagem em amostras de concentrado de leucócitos e LCR e a quantificaçăo do RNA do HIV-1 no LCR foram realizadas com sucesso. Houve correlaçăo linear positiva entre a quantificaçăo do RNA do HIV-1 no plasma e no LCR.