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Objetivo do presente estudo visou a aplicação de diferentes estratégias de purificação de pectinases bioproduzidas pelo fungo filamentoso Aspergillus niger ATCC 9642, empregando processos de precipitação e sistemas aquosos bifásicos. O sistema aquoso bifásico apresentou-se como um método eficiente de purificar pectinases. Os sistemas de concentração e purificação por precipitação com álcool e o sistema aquoso bifásico com polietileno glicol e fosfato e/ou citrato podem ser recomendados para uso industrial, pois os métodos mostraram-se eficientes para as três enzimas estudadas.