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In dem die Pflanzenanatomie begründenden Werk beschrieb Malpighi erstmals Bau und Funktion zahlreicher Pflanzenorgane und bildete sie exakt ab. Dabei übertrug er die anatomischen Termini auch auf die Pflanzenorgane. Manche der darin enthaltenen Studien, z.B. zu Keimung und Gallenbildung, hatte er gegen Angriffe anderer Autoren zu verteidigen, doch bildeten sie auch die Grundlage bekannter Arbeiten seiner Nachfolger.